Die Flagge von Florianópolis wurde geschaffen, um die Stadt zu symbolisieren. Seine Nutzung wurde durch das Gesetz Nr. 1409 vom 17. März 1976 geregelt, dem Jahr, in dem Florianópolis 250 Jahre politische und administrative Emanzipation vollendete. Es besteht aus einem weißen Rechteck mit 8 x 11 Modulen, das von zwei roten Bändern durchschnitten wird. Weiß und Rot sind die Farben des Bundesstaates Santa Catarina. Die Bänder befinden sich am oberen und unteren Rand des Rechtecks. In der Mitte der Flagge befindet sich das Gemeindewappen, das durch das Gesetz Nr. 1408 vom 15. März 1976 auf der Grundlage des Stadtwappens geschaffen wurde. In dem neuen Symbol wurden die Figuren von Dias Velho und dem Offizier des Barriga Verde Regiments, die den Schild flankieren, ausgeschlossen.